对于药物流产的危害，最为严重的是一些慢性的子宫内膜炎、输卵管炎等疾病。在药物流产过程中，如果胚胎和附件能顺利排出，相应的后遗症就不太可能发生。然而，如果药物流产后胚胎和附属物仍然存在，阴道出血持续时间更长，则可能增加盆腔感染的机会，或者如果有残留需要再次进行相应的子宫切除术。经过这些治疗，慢性子宫内膜炎或输卵管炎的可能性会增加，继发性不孕的可能性也会增加。