器质性消化不良，主要是由疾病引发的。器质性消化不良是由于各种器质性疾病引发的消化不良症状，既可能是由于消化系统疾病，如来自胃肠道的消化性溃疡、胃食管反流病、胃食管肿瘤等，或来自肝胆胰的疾病，如急慢性肝炎、慢性胰腺炎、胆石症及慢性胆囊炎等；又可能是由于消化系统以外疾病或全身性疾病，如糖尿病、甲状腺疾病等。而在使用一些药物，比如部分降压药、抗生素时都可能出现消化不良症状。