因为肛瘘作为坐骨直肠肛管周围间隙感染的慢性期，在临床治疗上，目前唯有通过手术治疗，才能够获得治愈，具体的手术方法有包括肛瘘切除以及挂线治疗。手术切除，一次切除，一般来说仅仅适用于低位单纯性肛瘘，而对于高位复杂性肛瘘通常需要行肛瘘挂线治疗，以免一次性的切断肛门括约肌大便失禁的症状对于肛瘘术后的护理主要包括2点，饮食上的一般来说，必须要避免进食油腻辛辣刺激性的食物，同时术后早期，一般2~3天内尽量进食流质或半流质饮食，以免粪便过多，而排便时引起局部的疼痛症状甚至出血。
对于局部的手术创面的护理，主要是一般术后排便以后，需要以温水洗净，同时以1:5000的高锰酸钾作用，每次15~30分钟。从而起到杀菌作用，以免粪便积聚在手术创面引起感染，同时对于挂线的患者，一般每3~5天左右，要收紧一次橡皮筋，从而起到缓慢切割，得到治愈的目的。