引起肛瘘的原因有肛门周围脓肿、直肠肛门损伤、肛裂、会阴部手术、结核、溃疡性大肠炎、克隆氏病。
一、肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成主要原因。
二、直肠肛门损伤：外伤、来自消化道骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。
三、肛裂：肛裂反复感染，引起皮下瘘，引起肛腺炎。
四、会阴部手术：内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。
五、结核：吞咽细菌或少数血行感染，均可引起结核性肛瘘。
六、溃疡性大肠炎：引起肛瘘。
七、克隆氏病：伴有肛瘘。还有其他疾病等引起肛瘘。