肾结石目前通过国内和国际的指南来看，结石的大小是治疗的一个标准，如果肾结石在3-5毫米以下，一般不需要外科干预，可通过一般饮食或药物排石来治疗。
如果结石超过1-2厘米，一般来讲需要外科干预。在1-2公分左右的结石首选体外冲击波碎石。因为体外冲击波碎石的患者不需要住院，在门诊就可以处理，能够以最小的费用达到最大程度地清除结石。但如果结石质地较硬，反复碎石有可能会引起肾脏破裂，造成肾脏损伤。
对肾结石一般不建议3次以上的体外冲击波碎石。如果3次以上之后还达不到效果的话，就要进行手术治疗。外科手术主要包括以前传统的肾切开取石，这种方法对患者损伤比较大，恢复比较慢；目前常用的是输尿管软镜碎石或经皮肾镜碎石，这两种方法各有利弊，都是微创手术，都能够最大程度以最小的损伤排除结石的功能和效果。