输尿管结石是泌尿外科的常规手术，绝大部分输尿管结石都可以通过输尿管硬镜或软镜手术碎石，手术相对比较安全，但是有些情况输尿管结石合并感染、输尿管狭窄易曲，输尿管结石体积过大或者硬度过硬的，手术还是有一定的风险。
输尿管硬镜或者软镜手术中，需要通过生理盐水冲洗来维持手术视野的清晰。冲入体内的水过多时容易造成肾破裂，肾脏病膜下血肿、出血，大部分可以通过保守治疗即可，由于血肿较大的时候，会造成肾实质的压迫，导致肾萎缩，甚至肾功能降低，可能术后三个月左右再行血肿的清除手术，血肿较大者甚至可能要切除肾脏。此外结石术后也容易形成感染、脓毒症，尤其是手术前有尿路感染的患者，更容易出现感染中毒性休克，重者可以导致患者的死亡。
对于输尿管相对狭窄者，输尿管镜刺激导致输尿管痉挛，进入或退出输尿管镜时，可能会造成输尿管的完全不措，输尿管全程的离断，部分患者术后出现输尿管狭窄。对于一些合并内科疾病的患者，围手术期可能会出现心脑血管疾病的风险。输尿管结石的微创手术是泌尿外科的常规手术，绝大部分输尿管结石可以通过输尿管硬镜和软镜手术治疗，手术相对安全，但是也有一定的手术风险。