1.麻醉失效：通常当麻醉效果失效后会出现肛门痛的症状，若疼痛程度较轻，一般无需进行任何治疗，属于正常情况，疼痛程度在可忍耐的范围内。针对疼痛较重的患者，可以进行坐浴或者是药物熏蒸，在一定程度上可以缓解疼痛。其次，必要时也可以在医生的指导下应用止痛药，例如吗啡、盐酸羟考酮缓释片等。
2.感染：如果直肠癌术后肛门痛是因为并发感染而引起的，除了上述的治疗措施以外，患者还需要遵医嘱应用阿莫西林、头孢曲松钠、氧氟沙星等抗生素药物。