遗传因素是癫痫发作的重要原因，尤其是特发性癫痫发作。分子遗传学研究发现，某些遗传性癫痫发作的分子机制是离子通道或相关分子的结构或功能改变。脑疾病中的先天性脑发育异常：脑灰色物质杂种优势，脑穿透畸形，结节性硬化，脑面血管瘤病等颅脑肿瘤：原发性或转移性肿瘤颅内感染：各种脑膜炎、脑脓肿、脑囊虫病以及弓形虫等。