H7N9禽流感的主要传播途径就是呼吸道的传播，会通过密切的接触已经被感染禽类和排泄物、分泌物以及受到病毒感染的水，甚至直接接触毒毒株被感染。在感染水禽的粪便中含有高浓度的病毒，并通过污染的水源泉由粪便-口途径传播流感病毒。目前还没有发现人感染的隐性带毒者，尚无人与人之间传播的确切证据。