穿刺活检在临床上有很多的用途，包括抽取腹水、胸水缓解症状，包括做穿刺活检明确诊断，是临床常用的一种检查和治疗的手段。穿刺活检多数情况下是安全的，对身体的伤害不大。
但是穿刺活检有一定的并发症，常见的有以下的几个方面：第一，就是穿刺活检引起的局部出血，穿刺部位的出血，这种出血特别是动脉出血有可能会出血量比较大。有时候有些病人合并有凝血功能的障碍或者有其他的口服抗凝的一些药物，这种情况有可能会造成局部的血肿。穿刺的时候可以在超声引导下，尽量避开稍微大的血管儿，这样能极大程度的避免穿刺活检引起的局部出血，甚至形成血肿的情况。
第二，对于肿瘤的患者而言，穿刺活检有可能引起症灶的转移。对于体表的肿瘤来说，症灶转移的风险并不高。即便是粗针穿刺来讲，这种风险也不是太高，所以像甲状腺、乳腺，一般来讲临床常规可以考虑做穿刺活检来明确诊断。但是对肝占位的穿刺活检来说，其症灶转移的风险就比较高。所以在临床操作中，一般不建议常规对肝脏占位去做穿刺活检，因为其中一个原因就是症灶转移的风险还是比较高的。
第三，是感染的风险，这种穿刺比如做经脾、经肝的胆囊穿刺流或者是其他部位感染引起的穿刺引流，造成感染播散的风险还是存在的。比如经脾、经肝的胆囊穿刺引流可以造成胆汁到腹腔以后，引起胆汁性的腹膜炎，这个可能需要进一步的引流，操作就比较麻烦，以上三条是主要的穿刺活检的一些风险。