治疗肛瘘，首先需要清除感染灶；其次，肛瘘无法治愈，需要及早接受诊断治疗，避免肛瘘造成脓肿反复发作。
肛瘘是临床常见的疾病，肛瘘的临床治疗方式和效果报道不一，但手术是根除肛瘘的唯一治疗方法。消除感染灶是治疗的第一步。
如果存在感染肛瘘不能愈合；与其他部位伤口一样，营养不良状态下的肛瘘很难愈合；肛周的解剖结构复杂，瘘管开口及瘘道走行经常不很清楚，如果错误识别瘘道或遗留分支常会导致复发；最后选择合适的手术方法是确保治疗成功的关键。
肛瘘是无法自愈的，治疗失败有可能会导致病情加重。另外肛瘘一经诊断需尽早治疗，如果不及时治疗，肛瘘常会反复脓肿发作、暂时性瘘道口闭合，长期的慢性感染会形成复杂肛瘘；病人可能会出现疼痛、出血、大便失禁、蜂窝组织炎，甚至全身性败血症。