导致个子矮小原因比较多，很多疾病都可以导致孩子身材矮小，主要包括内分泌疾病、先天性甲状腺功能低下、染色体异常或基因异常疾病、遗传因素、营养障碍或有基础疾病以及特发性矮小等因素。
1、内分泌疾病，首先注意生长激素缺乏症，生长激素是人体正常分泌的一种激素，能促进骨骼生长，导致身体长高，如果分泌不足或分泌生长激素的垂体病变或发育不良会出现矮小症。
2、先天性甲状腺功能低下，甲状腺激素可以促进骨骼和神经系统的发育，先甲低的孩子可以表现为矮小和智力低下。
3、染色体异常或基因异常疾病，比如Turner综合症，是先天性卵巢发育不全，可以导致女孩身材矮小，先天性骨和软骨疾病，也可导致矮身材。
4、遗传因素，身高和遗传关系很大，有些孩子的父母就存在身材矮小是遗传因素导致。
5、营养障碍或有基础疾病，比如营养不良、维生素D缺乏性佝偻病等可因营养因素导致矮小，先天性心脏病因为体循环供血不足导致发育障碍。
6、特发性矮小，还有一部分孩子，在通过详细检查后仍然没有找到引起矮小的病因，称之为特发性矮小。