肺炎衣原体感染是肺炎衣原体入侵机体导致的，肺炎衣原体感染临床表现可以是无症状的，也可以是危及生命的。
肺炎衣原体呼吸道感染症状和体征均无特异性，最早出现的是上呼吸道感染症状，常见是伴有声音嘶哑的咽炎，有发热。数天或数周后患者上呼吸道感染症状逐渐减退，开始出现咳嗽，提示下呼吸道受累，即双兼伴疾病现象，此时临床表现以支气管肺炎和支气管炎为主要患者，体温不高。
肺炎衣原体感染很少累及呼吸系统以外的器官，绝大多数肺炎衣原体肺炎的胸部x线表现，是单个肺断以下的病灶，符合非典型肺炎的表现。在病情较严重患者可有多个病灶，肺液时变肺门淋巴结肿大及胸膜炎和胸膜渗出不常见。健康人群的肺炎衣原体很少需要住院治疗，但完全恢复时间长，即使在选择有效抗生素治疗情况下，咳嗽和全身不适，在其他症状缓解后，仍然可持续一段时间。