引起宫外孕的原因包括输卵管的炎症、盆腔炎症、胚胎本身的缺陷、人工流产、吸烟、输卵管异常、子宫内膜异位症、雌孕激素异常、输卵管本身先天发育异常、胎儿出生之前受到化学物质的辐射、输卵管或盆腔内的手术等因素。此外，如果育龄期妇女带有宫腔节育器，避孕失败也可能造成宫外孕。
输卵管炎症为输卵管妊娠的常见病因，炎症破坏输卵管黏膜从而导致受精卵的运行受阻而在该处着床。受精卵游走即卵子在一侧输卵管受精，受精卵经宫腔或腹腔进入对侧输卵管，若雌孕激素分泌失常，可影响受精卵的正常运行，移行时间过长，受精卵发育增大，即可在对侧输卵管内着床形成输卵管妊娠。
此外，精神因素也可引起输卵管痉挛和蠕动异常，干扰受精卵的运送。
输卵管因周围肿瘤，如子宫肌瘤或卵巢肿瘤的压迫，特别是子宫内膜异位症引起输卵管、卵巢周围组织的黏连，也可影响输卵管管腔通畅，使受精卵运行受阻。其相关易患的因素有术前输卵管病变、盆腔手术史、移植胚胎的技术因素、置入胚胎的数量和质量、激素环境、胚胎移植时移植液过多等。