灰指甲可以外用抗真菌类的药物，如特比萘芬软膏、环吡酮胺软膏、咪康唑或酮康唑等，指甲缝用环吡酮胺的甲涂剂或阿莫罗芬的甲涂剂，口服特比萘芬、伊曲康唑等。
灰指甲的治疗主要是从两个方面：
一、首先要做好预防，尤其是家里成员有人患灰指甲后要注意跟其他的家庭成员隔离，包括患者用的鞋、脚盆、擦脚巾等等，避免混用。
二、治疗方面首先外用治疗，外用治疗除了抗真菌药物以外，还要注意保持足缝的干燥，有时脚特别易出汗的可以在足缝撒痱子粉、爽生粉等等。可以外用抗真菌类的药物，如特比萘芬软膏、环吡酮胺软膏或咪康唑、酮康唑等，可以选用两种交替使用。指甲缝可以用抗真菌药物，比如环吡酮胺或阿莫罗芬的甲涂剂。它像指甲油一样涂起来很方便，一周1到2次、慢慢过渡到一周1次，具体按照说明书用药即可。外用药物针对于甲外缘的1/3受累患者有一定的疗效，对于整个甲板甚至甲根部受累的灰指甲、比较严重的，或好几个指甲都有受累情况患者，要口服抗真菌药。口服抗真菌药现在的安全性是很高的，当然很多患者会心有肝功能损伤问题，可以服用一个月后进行肝功能的检测。
目前比较常用的抗真菌药口服的有特比萘芬，一般是1天一次，服用12周左右；还可以选用伊曲康唑的冲击疗法，即一个月只服用一个星期的药物，连服四周左右。如果患者不放心可以服用一个月后去监测肝功能再连续服药。这些药物尤其是口服药物必须在医生指导下用药，不能自己单独购买。