小儿腹泻引起的原因很多，主要是两方面的原因，感染性因素及非感染性因素。感染性因素包括病毒、细菌感染，都可以引起小孩腹泻。小儿腹泻如果是病毒感染，比如最常见的轮状病毒感染叫小儿秋季腹泻。最近比较流行的诺如病毒感染叫诺如病毒性腹泻。
细菌感染比如细菌性痢疾是痢疾杆菌感染，霍乱是霍乱弧菌感染，都是感染性因素。还有上呼吸道感染等肠道外感染也会引起腹泻，是因为肠道外感染的细菌毒素影响肠道功能引起的腹泻，还有非感染性因素，包括饮食因素和气候因素。
饮食的因素比如吃的过多、过少或者是食物的成分对孩子不适应，有一些孩子对某些食物过敏都会造成腹泻。另外气候的因素，天气过冷造成肠蠕动加快也可以引起腹泻；因为天气太热又进食很多凉东西，也可以造成腹泻，这是引起小儿腹泻最常见的一些原因。