从定义上来说，骨囊肿其实也是一种骨肿瘤，但是骨囊肿是一种良性的骨肿瘤。骨肿瘤可能包括一些其他的恶性程度比较高的，或者有恶性倾向的骨肿瘤，也有可能是一些良性的骨肿瘤。例如骨巨细胞瘤是介于良恶性之间的骨肿瘤，骨肉瘤是一种恶性程度比较高的骨肿瘤。骨软骨瘤是一种良性的骨肿瘤，所以这个疾病它们是有区别的。
简单来说骨肿瘤包括骨囊肿。对于判断这些骨肿瘤的良恶性情况，我们主要通过症状。
一般来说，恶性程度比较高的骨肿瘤，它可能会出现比较严重的患部的疼痛，运动功能障碍，局部出现的肿块会长的比较快，恶性的骨肿瘤很快可以发生病理性的骨折，还可以出现一些体重减轻、食欲不振、轻度发烧等等一些症状。从X光片上检查可以判断恶性的骨肿瘤会出现骨周围呈现浸润性的生长，骨膜反应等等一些比较特殊的征象，例如日光症。而骨囊肿是一种质地比较均匀，边界比较清晰，没有浸润性生长的这种良性囊肿。
所以我们判断骨囊肿或骨肿瘤需要通过一些影像学的检查，例如X型光片、骨骼的同位素扫描、ct，甚至是核磁共振等检查，这些影像学检查作出全面的诊断，才可以判断。