子宫内膜异位症发病原因有月经血逆流、子宫内膜良性转移、体腔内膜的化生、遗传因素、免疫因素等。子宫内膜异位症发病原因目前还并不是十分清楚，但经过多年的研究目前有几个常见学说。一、月经血的逆流。临床上一般觉得月经血通过子宫腔，输卵管开口逆流到腹腔，内膜细胞就种植在卵巢、腹膜这些部位，逐渐形成散在的病灶。临床上也经常看到卵巢附近还有腹膜后穹窿的部位有散落的子宫内膜异位的病灶，这个情况和学说也是对得上的。二、子宫内膜良性的转移。有的学者认为子宫内膜是通过血液、淋巴液转移流向可能会种植子宫内膜的脏器，因为在临床上也有时能看到有的患者可能会出现肠管的子宫内膜异位病灶，或膀胱的子宫内膜异位病灶，甚至有的患者可能会出现鼻腔的子宫内膜异位病灶。这些病灶内会出现周期性的出血，这个学说也是根据这些症状来进行考虑的。三、体腔上皮的化生。认为子宫内膜的上皮在腹腔的各个部位慢慢化生形成一个病灶。四、遗传学说。有时子宫内膜异位有家族的聚集倾向。五、免疫学说。有炎症细胞因子可能会刺激引起疾病造成不孕不育。

子宫内膜异位症理论上通过手术治疗可能不会治愈，这是为什么呢？如果患者还想保留子宫和卵巢，卵巢周期性的激素水平变化还是存在，子宫存留子宫内膜也是还会要存在，子宫内膜的剥脱还是周而复始的进行，这个疾病就有可能还会不断的发生。另外，如果已经发生子宫内膜异位症，播散在盆腔、腹腔里大大小小的病灶通过药物治疗或手术治疗，并不能完全的清除这些病灶，大的病灶肉眼可以发现的会彻底清理，包括剥除以及电凝消融给予破坏这些病灶。如果是极其微小的病灶，肉眼并不能分辨的病灶，或比较隐匿性的病灶，伸到肠管间隙或盆腔深部的一些病灶并不能探查到没有办法进行治疗。如果术后通过一些药物治疗也能延缓病灶的发展，但并不能够彻底治疗。当然如果患者通过把卵巢切除，或患者年龄大出现绝经，这些病灶可能永远将不会再发展。

月经一直不干净的原因与以下因素有关系：1、子宫内膜异位症常因影响子宫肌层收缩或因内膜增强而导致月经周期过多或经期延长。2、放置节育器也可引起月经一直不干净。3、血液病如血小板减少性紫癫、再生障碍性贫血等，其他如慢性贫血、慢性肝炎、肝硬化、肾炎等，可使血管壁脆弱，通透性增加造成月经一直不干净。4、青春期功能失调性子宫出血和围绝经期功能失调性子宫出血、黄体功能不足、子宫内膜增生症等均可引起月经一直不干净。5、盆腔炎症、子宫内膜息肉、子宫炎症、子宫肌瘤等均可引起月经一直不干净。月经一直不干净首先需要去医院做一下妇科检查和盆腔彩超检查，排除子宫、附件病变，必要时需行诊断性刮宫术，排除子宫内膜病变。如果是内分泌异常引起的月经一直不干净，可以用孕激素或者短效避孕药来治疗。

正常子宫的位置有赖于盆底肌肉及其筋膜和附着于子宫的韧带的支持。正常情况下在体位变动，用力，膀胱直肠充盈时，子宫位置略有改变。当支持子宫的组织受损而松弛，可使子宫位置有所改变。治疗的方法分为手术和药物两大类。药物治疗适用于病情较轻，卵巢囊肿不大的患者，疗程一般为6～9个月。如果作为手术前后的辅助治疗，疗程可缩短为3～6个月。手术治疗最早用于子宫内膜异位症治疗。至今也是重要的手段，适用于病情较重或疼痛严重，而药物治疗无效的。治疗方式有保守性手术方法，半根治性手术以及根治性的手术方法，根据患者的实际情况确定。

子宫内膜异位症的主要危害是痛经，不孕以及腹部包块。痛经是进行性加重，随着病情的延长，痛经逐渐加重。还有危害是不孕症，由于内异症引起黏连，排卵受到影响，内环境的改变会产生免疫性不孕，输卵管堵塞会导致受精卵不能进入到子宫腔内，会出现不孕症。