婴幼儿腹泻根据病因的不同分为两种，第一种是绝大部分属于非感染因素，常见于喂养的质和量不当、环境因素、情绪的影响，然后就是食物过敏，包括牛奶、鸡蛋、豆浆过敏、食物不耐受、乳糖不耐受、脂肪泻等消化吸收不良的情况，还有部分是与抗生素相关性的腹泻;第二种是感染因素引起的腹泻，占少部分，在感染因素中80%为肠道内病毒感染，比如轮状病毒感染、诺如病毒感染、埃可病毒感染、柯萨奇病毒、腺病毒感染等等，还有细菌感染、真菌感染、肠道寄生虫感染，部分为肠道外感染，如上呼吸道感染、肺炎、败血症等，在消化系统方面的表现为腹泻。
