子宫内膜异位症是导致不孕症的一个主要的原因，内膜异位症的病人不孕率可以高达50%，其中20%的病人有中度以上的病变，引起不孕的原因比较复杂，主要与盆腔解剖结构异常有关，重度的内膜异位症的病灶，可以导致盆腔局部的解剖结构异常，比如输卵管、卵巢周围的广泛粘连，导致输卵管梗阻或者是引起扭曲，使输卵管蠕动异常，影响石卵和对受精卵的运输功能。盆腔内微环境的改变，内异症病人腹腔中的一些前列腺素的物质，也是导致不孕的原因，另外由于卵巢功能的异常，导致排卵障碍，也可能引发不孕症。因此如果病人能够怀孕，在怀孕的过程中，由于血清内的激素雌激素水平受到抑制，这样的状态下没有反复刺激的内膜异位症病灶的出血，可以改善内膜异位症的病症状，如果经过一年的妊娠和哺乳期，往往内膜异位症会有所好转。
