如果肛瘘手术后伤口出现感染，有可能会出现脓液自创面渗出，有时还可以触及质硬的包块，可能形成了炎性的包块，有时患者还会出现发热的症状。查体可以发现切口渗出增多，感染处皮肤颜色变红，局部皮温增高、触痛明显，早期可以发现硬块，后期脓肿形成可以触及波动感，穿刺抽出脓液，细菌培养可以发现致病菌。伤口的感染主要表现在伤口的分泌物增多，可能会出现伤口胀痛、疼痛，甚至有时候还会出现流脓液，那么部分病人的伤口甚至在愈合后，表面看上去已经完全长好了，但是经过一段时间以后这个地方又出现了感到疼痛不适，或者是有脓液溢出来，甚至直接发生局部的皮肤的破溃，这种情况下实际就是伤口感染了。
