南昌市第二医院药剂科按照《药品管理法》、《处方管理办法》及其实施细则监督、检查各医疗科室合理使用药品情况并动态监测所供应药品的使用趋向，同时做好药品供应与管理工作及准确地调配处方。设有西药库、中成药库、草药（饮片）库、消毒剂发放室、门诊中、西药房、门诊草药房、门诊煎药室、住院部药房、住院部中心排药室、临床药理室。
药剂科的药品管理与药品调剂均实行网络信息化管理。临床药理室的主要任务是监督、检查临床合理用药情况，参与临床查房，对住院病历及门诊处方进行合理用药评价，并对临床用药产生的不良反应进行监测及处理，为临床医师提供药学情报信息服务。
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