医院建院之初即设立传染科。1991年经四川省卫生厅批准为内江市传染病防治中心，2005年更名为感染性疾病科，2016年评为市级重点专科。现有编制床位53张，开放床位80张，主任医师2名，副主任医师4名，主治医师3名，住院医师2名，主管护师2名，护师10名，护士1名。科室先后参与国家卫生部科研课题1项，省卫生厅科研课题2项、市科技局科研课题1项，发表及交流学术论文50余篇。科室具体分为：肝病组、结核组、艾滋病组、儿童传染病组、感染性疾病组。先后开展的腹水浓缩回输器治疗肝硬化顽固性腹水，“人工肝”即血浆置换仪治疗肝衰竭等治疗均受到广大患者好评。规范化、个体化治疗慢乙肝、丙肝病人也取得很好的疗效。
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