脑瘫和自闭症孕检不能查出来的，脑瘫需要根据临床症状以相关检查来综合判断，如果只是通过检查是很难确诊的，针对自闭症主要是以社交功能障碍或者局限性重复性的动作，这种疾病也是需要根据临床症状来判断，怀孕期间尽量定期孕检，观察各个组织发育情况，一旦出现异常要及时处理，要保持良好的心态。