生化妊娠是受精卵形成后，没能在子宫内着床发育，在不知不觉中排出体外，而自然流产是胚胎已经在宫内着床，由于非人为原因发生在流产，叫做自然流产，发生生化妊娠的原因通常是因为受精卵质量低下导致的，受到了身体优胜劣汰的鉴别后发生在保护性的反应。受精卵质量低下常见的原因是本身的质量问题，或精子卵子在射精或排卵后很长时间后，受精卵精子老化引起的，这也较为多见的原因。而自然流产常见的原因有胚胎染色体异常，母体全身性疾病、内分泌因素、以及免疫异常，和接触了有毒、有害的物质引起的流产，