手足口病严重有精神萎靡、头痛、呕吐、谵妄甚至昏迷，眼球出现震颤、共济失调，出现急性的迟缓性瘫，会有抽筋等症状。查体可有脑膜刺激征阳性、巴宾斯基征的阳性，合并有中枢神经系统症状一般以两岁以内比较多见，呼吸系统表现有肺水肿，两肺可闻及湿啰音或痰鸣音，循环系统表现有心肌炎的相关表现。手足口病重症病例，多在发病的1到5天左右出现脑膜炎脑炎、脑脊髓炎等，极少数病例病情危重可以导致死亡，存活下来会有后遗症。