亚急性甲状腺炎治疗，包括一般治疗，糖皮质激素治疗以及手术治疗。一般治疗针对症状较轻的患者，可以给予非甾体类消炎镇痛剂。对于全身症状较重，持续高热，甲状腺肿大伴压痛明显者，需要采用糖皮质激素治疗，同时可以合用非甾体类消炎镇痛药减少反复。伴有甲亢的时候不需要服用抗甲状腺药物，可以给予小剂量的β受体阻滞剂。手术治疗主要是针对难治性的病例，还有长期反复发作的病例。亚急性甲状腺炎发生永久性甲减的比例是5%~10%，这类患者需要终身给予甲状腺激素替代治疗。