亚急性甲状腺炎常常继发于病毒性上呼吸道感染，患者会出现发热、乏力不适、食欲下降等等上呼吸道感染的症状，临床上最常见的流感病毒、腮腺炎病毒、腺病毒和卡萨奇病毒等都可能引起。慢性淋巴细胞性甲状腺炎是一种自身免疫性疾病，是由于自身抗体的损害，病变甲状腺组织往往被大量的淋巴细胞、浆细胞还有纤维化所取代，又称为甲状腺特异性相关性疾病，往往在患者的体内可以检测到甲状腺过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白的抗体。还有一种是急性化脓性甲状腺炎，主要原因是化脓性细菌的感染引起的甲状腺炎。