治疗甲亢的药物有甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶四氧嘧啶2种等。主要作用是通过抑制甲状腺激素的合成，丙硫氧嘧啶还有T4至T3组织抑制独特作用的外周的转换。甲巯咪唑长作用持续时间，可以是单一或分开的日常使用。甲亢丙控制症状快，作用时间短，在1小时每6-8倍。甲状腺机能亢进症的药物治疗包括高剂量治疗期、缩短期和维持期。疗程约2年。副作用包括皮疹、粒细胞减少、毒性肝病和血管炎。除口服药物外，还使用有辐射功能的碘-131来降低甲状腺，破坏内分泌功能。