导致结肠炎的原因较复杂，其中有免疫功能失调、细菌感染、还有血管源性的疾病等。而细菌感染就是引发结肠炎中比较常见的因素，比如说吃了被细菌污染过的食物，就会造成肠道被细菌感染，造成结肠炎。而免疫系统功能失调也会导致结肠炎，比如说在临床中常常遇到的溃疡性结肠炎，或是叫克罗恩病，而这类疾病统称炎症性肠病。由于肠道炎症是人体免疫系统功能出现失调了，所以对不该出现免疫的部分发起了攻击，从而造成了肠道炎症，这就是由免疫系统疾病引起的。