正常女性的阴道里面以产生过氧化氢的乳酸杆菌占优势的。当发生细菌性阴道炎的时候，阴道里面产生二氧化氢的乳酸杆菌就会减少，其他的微生物就会在里面大量的繁殖，主要的有加德纳菌厌氧菌，其中以厌氧菌为主。随着微生物的繁殖，们的代谢产物也可以使阴道的分泌物的生化成分发生相应的改变。阴道的PH值升高，胺类的物质和有机酸的物质增加。酶和有机酸可以破坏女性的防御功能，促进了微生物进入到上生殖道，导致炎症的发生。