药物治疗通常是配合这些物理治疗的。比如注射干扰素，而干扰素的注射一般可以直接的肌注，也可以采用干扰素直接注入疣体的根部，这样促进疣体的逐渐脱落。或者是采用口服药物治疗，比如口服转移因子或者是口服胸腺肽等等进行调节患者的免疫，这样也能够在一定程度上促进患者的疣体的脱落。患者出现尖锐湿疣以后，也需要防止由于局部皮肤破损而继发细菌感染等等。