有四种诊断方法分别为：（1）压迫排脓法：即用双叶肛门镜或扩张器暴露脓肿部位的肛隐窝，然后压迫脓肿，仔细观察脓液排出的部位，即内口所在。该法是确定原发病灶的最简便可靠手段。（2）双合诊法：用食指插入肛管，拇指在皮肤，触摸脓肿波动最明显，皮肤及粘膜最薄区，即是内口及外口的位置。（3）肛门镜检查：一般原发病灶处有隐窝炎，局部充血明显，隐窝加深形成凹陷，可见有脓性分泌物或肛乳头炎。（4）探针检查：一般采用有钩圆头探针，在双叶肛门镜下探查脓肿部位的肛隐窝，感染隐窝多凹陷加深，探针进入容易，如有脓液溢出即是内口。也可切开脓肿后由脓腔内探查，用食指在肛管内触模，探针头下最薄，只隔一层粘膜处，即是内口。但要切忌盲目乱戳，人为造成假内口，使手术失败。