造成阴茎短小的原因非常多，最常见的原因有以下几点：
1、遗传因素，阴茎的长度和遗传、种族都有很大的关系。
2、生长发育情况，男性进入青春期以后阴茎进一步发育。
3、生殖器畸形，如果存在尿道下裂、隐睾、睾丸缺失等生殖系统畸形。
4、肥胖、肥胖的患者的阴茎从外观看起来会比较短小。
5、疾病、某些内分泌疾病造成雄激素分泌减少也会造成阴茎短小。