萎缩性胃炎伴肠化，首先应采用药物治疗，可以选择中西医结合的方法进行治疗。如存在幽门螺杆菌感染，应用四联疗法来进行治疗，根除幽门螺杆菌，促进疾病康复。如无幽门螺杆菌感染，可以单纯使用抑制胃酸的药物，以及保护胃黏膜的药物进行治疗。萎缩性胃炎的患者也可以使用中成药来进行治疗，如摩罗丹气滞胃痛颗粒，对萎缩性胃炎有很好的疗效。如患者出现消化道出血，消化道穿孔，则需要进行手术治疗。肠化是一种癌前的病变，患者存在肠化，需要定期的复查胃镜，以免出现癌变。