沙眼衣原体和支原体感染，原则使用抗生素药物治疗，应做到早期诊断，早期治疗，规则用药物治疗方案个体化。常用的治疗药物为多西环素口服或阿奇霉素口服，美满霉素口服或红霉素类药物口服，妊娠期感染沙眼衣原体或支原体一般可以口服红霉素类药物或阿奇霉素，不宜使用四环素类药物，新生儿感染衣原体眼结膜炎，可以外用红霉素眼膏或四环素眼膏。若夫妻双方或性伴侣共同感染需共同治疗，避免交叉传染。