肥厚型心肌病的治疗方法取决于病情轻重程度，针对轻症患者，可先用药物治疗，例如β受体阻滞剂，目的是减少室性以及室上性心动过速，增加心室舒张期充盈时间。如发病期间合并心力衰竭，导致呼吸困难，再联合血管紧张素转化酶抑制剂、血管紧张素受体阻滞剂治疗，目的是为了减轻血压增高后的反应。对于比较严重的肥厚型心肌病，发生房颤时，需应用胺碘酮等第三类抗心律失常药物控制病情。