生理期不调最常见的病因包括精神因素和外在环境的因素，但从医学角度来说，生理期不调主要是由于下丘脑、垂体、卵巢、子宫的轴系，任何环节发生变化都会引起生理期不调。比如，下丘脑的原因包括下丘脑精神的因素，比如夫妻吵架的因素，还有夏季的精神性厌食等等。生理期不调的原因，除了精神的因素，饮食外界环境即功能性的因素，还有器质的一些原因，比如患者的子宫肌瘤、卵巢囊肿、子宫息肉，这是有盆腔炎症、内膜异味炎症，而这些疾病也都是引起生理期失调的原因。