尖锐湿疣的治疗原则是以局部去除疣体为主，尽可能消除疣体周围亚临床感染和潜伏感染，减少复发。治疗方法包含物理治疗如激光，冷冻，电灼，微波等，可酌情选用。巨大疣体可手术切除。光动力治疗适合疣体较小者，尿道口尖锐湿疣还有采用物理治疗或外涂药物去除疣体后预防复发治疗。外涂药物可选用5%咪喹莫特乳膏，0.5%鬼臼毒素酊，5%氟尿嘧啶乳膏，注意局部不良反应及其处理，抗病毒和提高免疫功能的药物可选用转因子，胸腺素或局部外涂a干扰素凝胶等。