做了巧克力囊肿手术之后，至少要等到三个月以上，才可以做试管婴儿，但具体应根据身体恢复以及判断情况来决定，待身体稳定之后，应去医院接受卵泡监测，主要是为了了解卵泡的发育情况，当直径超过18~22mm左右，可以排除优质卵泡，此时需要将卵子取出，再与精子结合进行试管婴儿，着床之后，再抽时间去医院进行移植。做试管婴儿的整个过程大概为3-6个月，需要耐心等待。