包皮龟头炎可以应用抗感染的药物进行治疗，不过要先明确感染的病原菌类型，然后选择敏感的抗生素。如革兰阳性球菌感染可以使用庆大霉素或是卡那霉素，滴虫感染可以使用甲硝唑或是替硝唑。念珠菌性感染可以使用克霉唑、咪康唑或是氟康唑。对于因过敏或是自身免疫性疾病导致的包皮龟头炎，一般是使用糖皮质激素类药物进行治疗。以上的药物都不可以自行使用，遵医嘱按疗程服用。