治疗慢性淋巴性甲状腺炎，可用抗生素类药物治疗，也可选用局部切开引流术进行治疗。选择抗生素前最好作穿刺液及血液培养，并作药物敏感试验，之后再根据结果选择敏感的抗生素，这样消灭细菌会更有效。用药需到正规医院做相应检查，并在专业医生指导下进行，患者不可自行服药，以免耽误治疗，导致病情加重。甲状腺炎经过几天后会有脓肿形成，患者则必须作甲状腺脓肿的切开引流手术，以便有效清除脓液，才能尽早控制住局部的炎症才能尽早被控制。