小儿便秘容易与以下疾病混淆：1.与肠梗阻相鉴别。患有肠梗阻之后，在不排便的同时，也有腹痛、呕吐、腹胀、无排气。如结合病史，怀疑因不排便而出现消化道梗阻。2.与先天性巨结肠鉴别，巨结肠也可能有长期不排便的情况，但一旦通过灌肠进行排便，就可以排出大量粪便。除了结肠扩张，也有狭窄的阶段。慢性便秘引起的结肠扩张是整个结肠。