大环内酯类药物是临床治疗新生儿沙眼衣原体的首选药物，可选择红霉素或阿奇霉素。阿奇霉素因其吸收好、易进入细胞、不良反应少而被广泛应用于临床，且疗程必须充足。新生儿沙眼衣原体在分娩时通过产道感染，剖宫产婴儿感染的几率相对较小。但如果有胎膜早破，病原体也可向上感染，患儿可能出现发热、咳嗽、气短或紫甜。上述药物需遵医嘱使用。