巧克力囊肿的症状有出血、疼痛等。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致，它的临床表现一般是痛经，是子宫内膜异位最明显的症状，但也是最容易被忽略的先兆，一般呈进行性的加重。一个症状是性交痛，这也是一个非常明显的信号，可能还会伴有点状的出血，卵巢的巧克力囊肿症状并不是十分的明显。还会出现不孕和月经的失调，在不孕的女性病患中，子宫内膜异位造成的巧克力囊肿导致的不孕，占有相当高的比例。