亚急性甲状腺炎伴有甲状腺功能亢进时，通常不采用抗甲状腺药治疗，可采用非特异药物。本病的甲减期常是暂时性的，通常甲减症状不多，不需要甲状腺激素替代治疗。TSH分泌的增加对甲状腺功能的恢复很重要。伴有甲减病情轻者不用进行处理。。病情较重的患者，可采用甲状腺激素替代一段时间。大约有10%的患者可发生永久性的甲状腺功能低减，需要长期用甲状腺替代治疗。