最早可以追溯到在胎儿期。在胎儿期的时候由于母亲的疾病或者是营养状态、心理状态，各种原因所导致的胎盘的功能、宫内的环境异常导致胎儿发育受到了障碍，这种矮小和生长发育的障碍，如果延续到出生以后，那么很可能就发展为一个矮小症的孩子。另外如果在胚胎期，孩子就有了基因的突变，这种基因的突变既可以来自于父母双方的异常基因，也可能是在孕期由于母亲接受了放射线、吸烟、病毒感染等疾病所造成的新发基因突变所造成的孩子宫内生长障碍，也可能这种生长的障碍一直持续到生后。还有生后也有些其他的疾病或者是基因的异常，可以引起孩子出现生长的障碍或者是一过性的生长障碍，导致他的身高绝对值或者是一段时间内生长速度出现异常导致最终身高是矮的。