引起尿道下裂的主要原因有以下两点：
第一，遗传因素，如果孩子带有先天性病变的基因，孩子出生以后就表现为尿道口不在龟头的正中间，而是挪到了冠状沟、阴茎中部、阴茎阴囊交界处、还有阴囊和会阴之间的一个位置，就是尿道下裂分为四度。
第二，环境因素，比如说孩子接触到有机磷类的农药、类雌激素的药物、还有在怀孕坐胎的时候使用保胎药，尤其是孕早期有先兆流产的时候使用保胎药，这些雌激素都有可能影响男童的尿道的生长发育，临床上出现尿道下裂的症状。