儿童肥胖因为其发生时间相对隐秘，所以不易被重视，儿童肥胖可能和成人肥胖一样，甚至更有害。可能出现所谓的代谢综合症，即高血压和高尿酸血症，能增加血糖，甚至达到糖尿病的程度，也可出现肥胖引起的骨质疏松。有一些男孩由于肥胖，雄激素更多地转化为雌激素，导致乳房发育，阴茎短小。由于阴茎睾丸组织周围的脂肪堆积过多，局部温度过高，也会影响睾丸的发育。对女孩来说，过度肥胖也会促进儿童的骨龄提前，从而导致女孩性早熟。此外，大多数肥胖儿童通常由于身体形状异常而有一些精神和行为问题。