自然状态下发生的流产称为自然流产。80%以上的自然流产发生在妊娠12周之内。发病原因主要有以下几类：
第一，染色体的异常。包括夫妻染色体异常和胚胎染色体异常。
第二，母体内分泌失调。比如黄体功能不全，多囊卵巢综合征，高泌乳素血症，甲状腺疾病，糖尿病等。
第三，母体生殖道的畸形。包括子宫畸形，宫颈机能不全，子宫黏膜下肌瘤，以及大的肌壁间肌瘤。
第四，生殖道的感染。细菌性阴道病，患者发生流产及早产的概率相对较高。
第五，其他方面，不健康的生活方式与流产有关。比如吸烟、酗酒、过量饮用咖啡，以及环境因素，如毒物方面的影响。